как подать апелляцию о несогласии с оценками в аттестате 11 го класса?

Это не правильно. Для начала сходите к директору, поговорите спокойно, не поможет - пригрозите начать писать в гороно и оспаривать оценку. . Нам в школе объясняли, что оценка всегда ставится в пользу ученика. То есть получив в первом полугодии 10 класса 5, потом даже если будут только 4-ки, в аттестате все равно будет 5.
Вам занизили оценку! Добивайтесь справедливости! Хотя на баллы аттестата при поступлении никто и не посмотрит. Но со следующего года собираются ввести при поступлении еще один критерий, помимо ЕГЭ, еще и суммарный балл аттестата. Кто знает, может в следующем году вы будете поступать снова..

Официальное положение:

http://www.examen.ru/add/ege/8933/vlijaet-li-ege-na-attestat

Влияет ли ЕГЭ на школьный аттестат?
Результаты ЕГЭ уже давно не имеют влияния на отметки в школьном аттестате. Баллы, набранные на ЕГЭ, выставляются отдельно в сертификат о сдаче экзамена, eсли набранный балл больше минимального. Если же балл ЕГЭ меньше минимального по обязательным предметам – русскому и математике, то ни сертификат ЕГЭ, ни аттестат не будут выдаваться. Если отметка по необязательному предмету на ЕГЭ ниже минимального балла, то нигде это не будет отмечено, как будто вы и не сдавали этот экзамен.
К списку вопросов о ЕГЭ >>

так что с пониманием относясь к вашей досаде и негодованию, можно успокоить только тем соображением. что кроме вас. родителей. никто может и не интересоваться оценками в аттестате.