
В русском языке есть два омонима НАКАЗЫВАТЬ:
► наказывать – подвергать наказанию;
► наказывать – давать поручение, распоряжение, наставление.
В обоих омонимах корень НАКАЗ-:

Не знаю, где Вы в Википедии могли обнаружить иное – Википедия не занимается морфемным составом слов, а в Викисловаре состав определяется так же, ссылка даётся на Морфемно-орфографический словарь А. Н. Тихонова.
Кстати, в глаголах ПРИКАЗЫВАТЬ, ПРИКАЗАТЬ корень ПРИКАЗ-, в глаголах УКАЗЫВАТЬ, УКАЗАТЬ – УКАЗ-, а в словах ОТКАЗЫВАТЬ, ОТКАЗАТЬ – ОТКАЗ-.
НО: во всех этих словах ИСТОРИЧЕСКИ выделялись приставки НА-, ПРИ-, У-, ОТ-, так как когда-то давно они были образован с помощью этих приставок от глагола КАЗАТЬ – «говорить, наставлять». Этот глагол и сейчас употребляется в просторечии, но в значении «показывать». Из-за переосмысления значения глагола КАЗАТЬ и произошло упрощение основ в словах НАКАЗЫВАТЬ, ПРИКАЗЫВАТЬ, УКАЗЫВАТЬ, ОТКАЗЫВАТЬ и производных от них, в результате которого бывшие приставки стали частью корня.
Из всего вышесказанного следует: Вы могли где-то прочитать, что в слове НАКАЗЫВАТЬ исторически выделяется приставка НА-. Но исторический состав многих слов русского языка, в том числе и данного слова, далеко не всегда совпадает с его современным морфемным составом.
.
