В наказаниЕ за то, что... почему Е?

Потому что это производный предлог. "В наказании" имеет другой смысл. (вот пример, чтобы легче понять : "по течению...", то есть по течению реки - это существительное, "в течение", то есть за какой-то промежуток времени, предлог)

Всё просто. Предлог В употребляется С ДВУМЯ ПАДЕЖАМИ: винительным и предложным.

У существительных среднего рода 2-го склонения, оканчивающихся на -ИЕ, В ВИНИТЕЛЬНОМ ПАДЕЖЕ ОКОНЧАНИЕ такое же, как в именительном падеже – -Е:
► вошёл в здание (падежный вопрос – во что?);
► не верю в наказание (падежный вопрос – во что?).

Примеры из художественной литературы:

► В НАКАЗАНИЕ за тупость Ваня щелкал по лбу незнайку. (Анатолий Азольский, «Лопушок»)
► Я не выдержал характера, пришёл раньше назначенного часа и В НАКАЗАНИЕ за это наткнулся в приёмной на редактора фашистского листка. (Юрий Домбровский, «Обезьяна приходит за своим черепом»).

А В ПРЕДЛОЖНОМ ПАДЕЖЕ эти существительные имеют ОКОНЧАНИЕ -И:
► находится в здании (падежный вопрос – в чём?);
► умеренность в наказании (падежный вопрос – в чём?).

Примеры из художественной литературы:

► Я ведь знаю, что вы были только исполнитель В НАКАЗАНИИ Никифорова… (Константин Станюкович, «Товарищи»)
► Правда, он был слишком строг, жесток В НАКАЗАНИИ виноватых... (Сергей Аксаков, «Семейная хроника»)

В Вашем случае существительное НАКАЗАНИЕ с предлогом В употреблено В ВИНИТЕЛЬНОМ ПАДЕЖЕ, поэтому и имеет оно в этой форме окончание -Е:
► Готов все терпеть В НАКАЗАНИЕ ЗА ТО, ЧТО я оклеветал моих братий, истину и святую веру! (Николай Карамзин, «Письма русского путешественника»)
► Встречи выпадали мне редко. Может быть, В НАКАЗАНИЕ ЗА ТО, ЧТО тогда я почти опоздала на вокзал проводить Митю? (Лидия Чуковская, «Прочерк»)
► А Сиропчика тоже следовало бы подержать здесь В НАКАЗАНИЕ ЗА ТО, ЧТО пьёт слишком много газированной воды с сиропом. (Николай Носов, «Приключения Незнайки и его друзей»)
.

Какие странные вопросы начало задавать новое поколение! Интересно, где вы видели, чтобы существительное склонялось из-за предлога "в"?

В этом наказаниИ я должна понять свою вину.
В наказаниЕ за вину меня не пускали гулять.