Организация хочет сдать в аренду земельный участок, принадлежащий ей.

Если на земельном участке есть здание, принадлежащее третьему лицу, то запрет на сдачу в аренду такого участка не установлен законодательно.

Согласно п. 2 ст. 654 ГК РФ установленная в договоре плата за пользование зданием или сооружением включает плату за пользование земельным участком, на котором оно расположено, или передаваемой вместе с ним соответствующей частью участка. Однако данная норма предусматривает, что иное правило может быть предусмотрено законом или договором.
Так, стороны могут оговорить, что пользование земельным участком, на котором расположен арендуемый объект, оплачивается дополнительно. При этом стороны могут сразу установить в договоре размер платы за пользование участком либо указать, что он оговаривается отдельно (например, путем заключения договора аренды земельного участка).

В случае изменения площади и границ земельного участка, переданного вместе с объектом аренды (например, при изъятии части земельного участка арендодателем), арендатор не сможет потребовать возврата части арендной платы, пропорциональной уменьшению площади переданного земельного участка .

Но при этом аренда земельного участка не означает право пользования зданием, принадлежащим третьему лицу.

Однако существует противоположная позиция. В соответствии с ней арендатор не должен платить за пользование земельным участком, поскольку согласно п. 2 ст. 654 ГК РФ по общему правилу плата за пользование зданием (сооружением), установленная в договоре, включает плату за пользование земельным участком, на котором оно расположено, или передаваемой вместе с ним соответствующей частью участка.
http://lawedication.com/blog/2017/03/02/mozhno-li-sdat-v-arendu-zemelnyj-uchastok-s-zdaniem/

а чем оно может быть незаконно? Третьи лица землю не арендуют, поэтому и отношения к ней не имеют.