В 1994 году уволился в запас, работал в фонде ветеранов Афганистана. Воевал на Балканах.
С ноября 1999 года участвовал в контртеррористической операции на Северном Кавказе. Купив всю необходимую экипировку, полетел в Махачкалу добровольцем для защиты Дагестана от нападения боевиков. Был прикомандирован к сводному милицейскому отряду.
В 2003 году в горах под Улус-Кертом Анатолий Лебедь подорвался на мине, в результате чего ему была ампутирована ступня. Командование пошло навстречу боевому офицеру и разрешило продолжать службу с протезом.
В одном из последующих боёв собственным телом прикрыл раненого рядового от выстрела из гранатомета. Получив слепое осколочное ранение в поясницу, продолжил командовать головным дозором. В результате того боя была захвачена база боевиков и уничтожен связной Шамиля Басаева. Указом Президента Российской Федерации от 6 апреля 2005 года за мужество и героизм, проявленные при исполнении воинского долга в Северо-Кавказском регионе капитану Лебедю Анатолию Вячеславовичу было присвоено звание Героя Российской Федерации.
В 2008 году участвовал в боевых действиях в Южной Осетии, за что удостоился стать вторым кавалером ордена Св. Георгия 4-й степени.
