Установка каких программ ухудшает стабильность операционной системы?

Вопрос сформулирован немножко некорректно, а потому прямой ответ на ваш вопрос (т. е. готового законченного списка таких программ) дать невозможно. Если кто и предоставит такой список, то есть повод усомниться в должной компетенции этого человека.
Дело в том, что ВСЕ программы и ВСЕ компьютеры ведут себя совершенно по-разному - это зависит от многих обстоятельств - от самого "железа", от набора предустановленных и используемых на конкретном компьютере программ, от регулярности и набора "профилактических мер" типа чистка реестра, удаление "системного мусора", временных файлов и т. д. и т. п. ну и, конечно же, от квалификации самого пользователя. Вобщем все выявляется ТОЛЬКО опытным путем, а этот опыт у ВСЕХ (по вышеперечисленным причинам) ВСЕГДА разный.

Ну а ЯВНО "нехорошие", как вы выразились, программы со временем или регулярно обновляются и выпускаются новые версии и релизы, в которых предыдущие выявленные ошибки разработчиками устраняются или эти программы "умирают своей смертью", т. е. их разработчики перестают дорабатывать и поддерживать.

1) beta-версий
2) ненужных программ
3) однотипных по назначению
4) эмуляторов устройств типа Daemon Tools - вызывают сбои при удалении

Стабильность операционной системы ухудшается при установке абсолютно ЛЮБЫХ программ. Степень этого ухудшения может быть разной. Если при установке какой-то программы стало резко хуже - удалять её, или искать что-то другое для удаления.

Это невозможно, по простой причине невозможности проверить работоспособность всех программ на ВСЕХ конфигурациях...

ухудшает стабильность операционной системы не программа, а желание чела ввести разные улучшения, типа XPLife, Vista Start Menu и пр. довески... а программы спецы делают и не каждый производит полное тестирование на предмет совместимости с платформами и осями.... и осей разных куча... и все ведут себя по разному... поэтому драные системы вроде бы от лицензионки не отличаются (на первый взгляд) , но имеют не мало подводных камешков внутри... да, и бета версии: это всегда нечто.... на свой, как говорится, страх и риск....

Единственный метод - не забывать программ с которыми возникла проблемма у себя лично. И обязательно пробовать её снова обязательно на операционке установленной с нуля (этот момент каждый решает по своему - я например пробую, когда в очередной раз переставляюсь из-за вирусов) . Так сказать набираться опыта. Больше никак.
На счёт Daemon Tools скажу - у меня не было никогда ни одной проблеммы. Качаю всегда с офф. сайта - и качается стабильно, и всегда всё корректное, ну и новое получаю.

Несовместимые в работе антивирусы, всякие ускорители всего чё можна, короч твикеры, кривые драйвера (ну не удержался) почти вся подключённая переферия...