Помогите пожалуйста по существу, каким способом мне установить приложение на Linux?

первое WINE - Wine Is Not Emulator
второе Какой дистрибутив линукса вы используете, если rpm-дистр - проверьте наличие wine в пакетном менеджере, если вы используете non-rpm-дистр - собирайте и сорцов
если не будет проблем с зависимостями, то установить wine из сорцов можно следующими командами
_____________

./configure
make depend
make
make install
_____________

PS рекомендую сначала посмотреть ./configure --help
PPS распаковываем и собираем, само собой, - из под root'а

НЕ НАДО!! !
В своём менеджере пакетов ПРОСТО ПТИЧКУ ставь на wine!
ДАЛЬШЕ всё Линь сам сделает.

однозначно вам сюда и читать читать читать!!!
http://www.citforum.ru/operating_systems/linux.shtml

какой линукс у вас?
в зависимости от версии системы могут быть как готовые к установки пакеты, которые надо устанавливать под учетной записью администратора, либо пакеты в исходных кодах готовые для компиляции и утновки. Такие обычно имеют расширение tar.gz или аналогичные. Распаковываем в папку, переходим в папку (работаем в консоли) , командой su root-имся и выполняем:
ИМЯ ФАЙЛА -configure
make install
install

более подробно про саму установку можно почитать в README-файле (обычнов сегда поставляется вместе с исходниками программы) .
WINE - это эмулятор системы windows, для запуска виндовс-приложений в системе линукс. Тут все проще - запускаем вайн с параметрами (помощь man wine или в документации к ней) .

на 2009 нужно установить пакет вайна, и тогда эмулятор маздая попрет, а на остальных нету

Наверно, просто брать программы, предназначенные для Linux