Установка значения размера кластера при формате имеет большое значение?

С точки зрения производительности и надёжности, чем больше размер кластера, тем лучше. Всегда.
Ибо чем больше кластер, тем меньше размеры таблиц "FAT", а значит, файловые операции выполняются быстрее, меньше грузят проц, требуют меньше памяти, гораздо меньше степень фрагментации и время на дефрагментацию, существенно меньше нагрузка на сами винты.
Но нужно помнить два обстоятельства:
1) В случае наличия большого количества мелких файлов и большого кластера, бесполезно расходуется много свободного места на диске. Например, 1000 файлов по 1 килобайту (общий объём 1 мегабайт) откушают на диске 32 мегабайта свободного пространства при размере кластера 32к.
2) Встроенный виндовый "DriveSpace" не работает при размерах кластера более 4к.

Учитывая вышесказанное, лично я делаю след. образом.
Системный раздел делаю с кластером 4к.
Разделы/диски для рабочих файлов и "My Documents" имеют кластеры 16-32к
Разделы/диски для музыки, видео и дистрибутивов всегда 64к
Если есть необходимость разместить своп или гибернейт файлы на отдельном диске, там тоже 64к
Чего и вам советую.

Вышеописанный подход значительно ускоряет все файловые операции. Например, у меня довольно нафаршированная всякими программами винда, грузится около 10 сек (после прохождения "POST" до появления всего десктопа) , а из гипернейта выходит около 3-5 сек (Комп A64 3200+, 1 гиг рамы)

З. Ы. Всегда форматирую только в NTFS.

чем больше кластер тем больше накладных расходов но меньше время доступа

ОС значения не имеет. Файлы записываются только на целое число кластеров. Чем больше размер одного кластера, тем больше теряешь места на диске при большом количестве файлов.