Какой программой можно отделить/присоединить звуковой файл к mpeg4 файлу?

Без потери качества, простая резка и разбиение на потоки аудио-видео:
VirtualDubMod- для ави
MKVtoolnix - для мкв
SmartLabs tsMuxeR - для AVCHD
http://www.ixbt.com/divideo/avchd-2.shtml#1
C потерей качества - любой современный видеоредактор

в самой винде есть или пинакл .,есть AVS Video Editor накройняк

Total Video Converter - делает все это и со многими файлами как видео так и флеш и аудио (режет, клеит, конвертирует, декодирует)

Total Video Converter (Тотал Видео Конвертер) - программа, которая позволяет конверировать множество форматов видеофайлов в формат видео мобильных телефонов.
Поддержка всех популярных видео и аудио форматов:
avi, dat, 3gp, qt, mov, mpg, mpeg, m1v, wmv, asf, ogm, mkv, dsm, vob, mp4, ra, rm, ram, amr, 3gp, 3gp2, 3g2, 3gpp, psp, flv, fli, flc, rmvb, rpm, gif, ifo, mp3, ac3, wav, aac, aiff, au, cda, mp2.

Выходные видео форматы:
- MPEG4(.mp4)
- 3gp(.3gp, 3g2)
- Game Psp(.psp)
- MPEG1(.mpg, mpeg)
- NTSC, PAL DVD mpeg
- NTSC, PAL SVCD mpeg
- NTSC, PAL VCD mpeg
- Ms Mpeg4 AVI(.avi)
- Divx AVI(.avi)
- Xvid AVI(.avi)
- H264 AVI(.avi)
- Mjpeg AVI(.avi)
- HuffYUV AVI(.avi)
- Swf Video(.swf)
- Flv Video (.flv)
- Gif Animation(.gif)
- Mpeg4 Mov(.mov)
- Apple Quicktime(.mov)
- FLIC format(.fli, .flc)
- Gif Animation(.gif)
- DV (.dv)

Исходные аудио форматы:
- mp3, mp2
- wav
- aac
- ogg
- amr
- awb
- m4a