Существуют ли программы для проверки диска, полностью заменяющие виндовский CHKDSK?

MHDD 4.6 - Программный комплекс для точной диагностики и мелкого ремонта жестких дисков. Описание разработчика:
"Позволяет работать с накопителями на низком уровне, напрямую через порты IDE контроллера. Выполняет очень быструю и точную диагностику всей поверхности накопителя (в отличие от таких программ как NDD, ScanDisk, которые адресуют только логические разделы) , независимо от данных, которые находятся на диагностируемом накопителе. Позволяет с максимально возможной скоростью избавиться от так называемых «soft»-bad секторов.
В программе реализованы следующие функции:
Максимально быстрая и точная диагностика состояния механической части накопителя (поверхности и головки) Скрытие дефектных секторов, а также оптимальный алгоритм исправления «soft»-bad секторов (секторов с неправильным CRC)
Постоянный мониторинг состояния регистров IDE контроллера
Возможность уменьшить объём накопителя (функция HPA)
Возможность отрегулировать шум, издаваемый накопителем (независимо от производителя накопителя) — AAM
Работа со SMART. Журналы ошибок, запуск тестов, атрибуты
Уничтожение всей информации на накопителе без возможности восстановления
Работа с парольной системой накопителя. Установка, снятие пароля
Моментальное разбиение нового винчестера на один логический диск на весь объем винчестера
«Разогрев» накопителя и тестирование его в экстремальных условиях
Просмотр заводских дефект-листов на некоторых накопителях
Пакетное тестирование нескольких накопителей, а также другие возможности для профессиональной работы с HDD."
Смотри здесь.
Или
Victoria 4.46 - Программа для тестирования, диагностики и сервисного обслуживания IDE и Serial ATA винчестеров. Ориентирована на широкий круг пользователей ПК.
Работает с накопителем на низком уровне (через порты контроллера) . Основные возможности:
- Автодетект PCI ATA/SATA контроллеров по коду класса и поддержка 60-ти популярных моделей;
- Вывод полной технической информации о жестком диске;
- десяток тестов для проверки поверхности и "механики" диска;
- Создание и запись образа диска;
- Проверка памяти и интерфейса HDD;
- Бенчмарк-функции;
- Дефектоскоп поверхности;
- Низкоуровневое форматирование HDD;
- Обнаружение и cкрытие дефектов методом переназначения секторов из резерва (remap);
- Посекторное копирование произвольной области HDD в файл, с пропуском дефектных участков (может быть полезно для спасения информации с поврежденного диска) ;
- Управление акустическим шумом;
- Управление парольной защитой;
- Удобный SMART-монитор;
- Возможность изменения объема HDD;
- Просмотр информации о логических разделах через порты;
- Возможность работы из-под DOS и Windows 9x/NT/XP;
- Встроенный файловый менеджер;
- Встроенная справочная система.
Ссылка "скачать" - версия 4.46 для Windows (англ. интерфейс) ; версия 3.52 с русским интерфейсом находится вот тут http://soft.softodrom.ru/scr/get.php?id=6420 (это архив с образом загрузочной дискеты) .
Обновлено: 19.08.2008
Стоимость: Free
Рус. язык: Есть
Размер / ОС: 600.88 КБ, 98/2K/XP/Vista
Здесь. Удачи.

для проверки системного раздела пожалуй никакой вменяемой альтернативы не придумали

Нá скôлькõ пóмню обсуждалось тут уже, используй - wmfix