"Кривая" кодировка в PDF

Кодировка PDF это уже интересно =)
Чаще всего PDF-файл является комбинацией текста с растровой и векторной графикой, реже — текста с формами, JavaScript'ом, 3D-графикой и другими типами элементов.
Информационные объёмы двух одинаково выглядящих на экране PDF-документов могут значительно отличаться. Это зависит от:
внедрения или связывания шрифтов и мультимедиа;
разрешения растровых изображений;
использования встроенного механизма сжатия всего документа;
используемых алгоритмов сжатия растровых изображений.
Для создания документа минимального объёма необходимо использовать векторную графику и «безопасные» шрифты. Всего имеется 14 таких шрифтов:
Times (v3) (обычный, курсив, полужирный и полужирный курсив)
Courier (обычный, наклонный, полужирный и полужирный наклонный)
Helvetica (v3) (обычный, наклонный, полужирный и полужирный наклонный)
Symbol
Zapf Dingbats
Эти шрифты можно использовать без внедрения в документ — их должны правильно отображать все программы. Любые другие шрифты, которые не были внедрены в документ и отсутствуют в системе, будут заменены одним из имеющихся, что может стать причиной увеличения или уменьшения числа страниц, количества символов в строке, межстрочного интервала и других ошибок отображения, связанных с метрикой шрифта.
Существует технология MRC (Mixed Raster Content), которая приближает возможно
вот и твоя проблема а все таки нужно пользоваться он делает правильные PDF
http://edengard.com/135968-adobe-acrobat-9-professional-941-dvd-rus-eng-2010.html

В кодировке. Если где-то нормально, а где-то нет, то виноватить можно только её.

Это так и и должно быть.