Подключали внешний жесткий к другому компу, поймали вирус, он сожрал все папки, файлы остались, но комп их не видит.

1. Запустить проводник, включить показ скрытых и системных файлов: "Сервис" - "Свойства папки" - снять галку "Скрывать защищенные системные файлы" и отметить "Показывать скрытые файлы и папки".

2. Просмотреть корневые каталоги всех разделов на жестких дисках и всех имеющихся съемных дисков (, а также папку Windows\System32 и удалить там все файлы с именем autorun и любым расширением. Важно: открывать указанные места исключительно щелчком в левой части окна проводника, в дереве каталогов, а не двойным по иконке диска, ибо в последнем случае, открывая зараженный диск, опять заражаете комп.

3. Запустить редактор реестра (Пуск - Выполнить - regedit.exe) и сделать две вещи:

а) Раскрыть ключ
HKEY_LOCAL_MACHINE/Software/Microsoft/Windows NT/Current Version/Winlogon
и проверить значение параметра Userinit. В нем должно быть C:\WINDOWS\system32\userinit.exe, и ничего более.
(Если система у вас установлена в другой раздел или папку, вместо C:\WINDOWS будет путь вашей системной папки) .

б) Удалить целиком ключ
HKEY_CURRENT_USER/Software/Microsoft/Windows/Current Version/Explorer/MountPoints2.

Последний пункт повторить для всех пользователей системы, затем перезагрузиться, потом Total Commander-поменять атрибуты файлов (убрать птичку со скрытый в свойствах файлов) лучше по одному, быстрее получится и не накосячите. Удачи.

Проверь диск DrWeb Cureit
http://www.freedrweb.com/cureit/

поскольку файлы заражены вирусом, то их возвращение на место ничего не даст, нужен для начала антивирус способный вылечить файлы, а не помещать их в карантин. Уже после этого с них можно будет снять атрибут "скрытые" - из-за которого они не видны в проводнике.
Если бы еще знать какой у вас антивирус и чем заражены файлы - то можно было бы что-то продуктивное посоветовать, а так, сколько вы не будете переименовывать файлы и перемещать их в какие-либо папки - все бестолку вирусов с такой опцией не один, например VB.huj (определение от Касперского) , и не зная его точной классификации дать конкретный совет - нереально.