После загрузки Windows, компьютер лагает и долго думает первые 3-5 мин, потом все норм.

В это время подгружается всякая хрень и хлам, который вы один хрен не вычистите никакими программами. У вас уже явно засран реестр. Зайдите в msconfig и посмотрите, что там грузится при старте.

В идеале - переустановить систему. Еще круче, если для системы купите SSD диск.

Еще можно параллельно Винде установить Ubuntu Linux www.ubuntu.ru - он не так засерается, не требует установки антивируса, так как вовсе не боится вирусов, а следовательно уже только из-за этого быстрее работает.

Может нужно дефрагментировать винду дополнительной прогой (Auslogic или Purandefrag)

что то тормозит его процесс какой то. или винду новую

ты же сам дал ответ на свой вопрос ( мусора также нет (клинер мастер) .)
http://gayevoy.wordpress.com/2012/03/19/registry_cleanup/

для винды это нормально, система обрастает мусором, ошибками фрагментируется фс

возможно антивирусник при загрузке сканирует проблемные области

Ctrl+Shift+Esc - Процессы - Отображать процессы всех пользователей - смотри внимательно какой процесс или процессы грузят твой процик 3-5 минут после загрузки

почисти реестр, посмотри автозагрузку

Если оптимизировать работу системы, можно, довольно прилично ускорить работу.
Как делается, подробно и по шагам, можете тут посмотреть:
comp-edit.ru/very-fast-computer/
хватает, где-то на месяц-полтора, потом снова нужно проделать. Но, там, по сути, ничего сложного, после первого раза, будете 5 минут на всё тратить.

Msconfig в помощь. Но раз ты там уже все самое необходимое отметил, советую добавить оперативки, да и на харде место побольше свободного сделать. А мусор кстати есть всегда.