Редактор *.exe файлов

Универсального средства нет (или мне неизвестен).
Выпилить посторонний функционал из инсталлятора можно только глубоким дебагом.

Вариант 2 (долгий, трудный, требуется виртуальная машина с предустановленной ОС и глубоких познаний самой ОС, не дает гарантии успеха)
1) В виртуальной машине делаются дамп реестра и дамп файловой системы,
2) устанавливается программа
3) делаются вторые дампы реестра и файловой системы
4) проанализировать изменения реестра и ФС и исключить изменения не связанные с установленной программой
5) исключить из изменений явно ненужные действия (установка посторонних программ, нелегитимные изменения настроек системы)
6) после выявления изменений и исключения всего лишнего - составляется сценарий установки - список действий - какие файлы куда копируются, какие ключи вносятся в реестр и т. д.
Так же в сценарии нужно учесть зависимость путей файлов и ключей от переменных окружения и настроек профиля. Необходимые данные должен будет вычислить инсталлятор и подставить в итоговый сценарий установки.
Сценарий нужен, чтобы установщик правильно разложил все файлы по своим местам и правильно внес ключи в реестр.
7) собрать все файлы нужной программы в отдельной папке. Туда же положить сценарий. При желании, все это добро можно упаковать в архив.
8) написать простую программку, которая распакует архив, прочтет сценарий, уточнит все переменные окружения и настройки профиля и начнет раскладывать файлы и ключи согласно определенному порядку. После написания и отладки положить рядом с архивом.
9) Упаковать в самораспаковывающийся пакет, в настройках которого следует указать распаковку во временную папку и запуск установщика. Все созданные до этого файлы следует сохранить на случай проблем.
10) протестировать на новой виртуальной машине. Если возникла проблема, вернуться к этапу 4 или 5 и искать ошибку.
Если все прошло гладко - поздравляю, вы сделали свой установщик и выпилили все лишнее.

Это долго только первый раз. Потом набивается рука и дальше все идет на автомате.
Сложность только в определении необходимых изменений и составлении сценария. Написанный на 8-м этапе установщик можно практически без изменений использовать в других проектах. Так же полезно будет на будущее написать программку для генерации сценария на основе списка изменений.

В конечном итоге удаление лишних программ из других установщиков сведется к установке на виртуалке и модерации изменений. Остальное будет генерироваться автоматически.

Возможно где-нибудь есть программа, которая сделает это автоматически, но где она?

не халам балам

Ты серьезно? Откуда бредовая идея по поводу того, что это возможно?

Сам файл хочешь крякнуть? Или просто прогу чистить? Для 2го - AnVir Task Manager попробуй.

Вырезать как ты думаешь не получится. Но решение есть простое, называется репак.

Скачай нормальный установщик с оф. сайта.