Как конвертировать, в видео файле аудиокодек ?

Да и MKV с флешки не все телевизоры читают при конвертировании измени свойства только звуковой дорожки в МР3. делай AVI (XviD) бит до 2000 объем файла не более 1.47Гб

XviD4PSP - лучший по функциональности видео-конвертер!
XviD4PSP ранее был специализированной программой для конвертирования видео для iPOD, iPhone и Sony PSP однако программа оказалась столь хороша, что автор программы, наш соотечественник, сделал из неё лучший в классе русскоязычный видеоконвертор, поддерживающий на входе любые видеофайлы, а на выходе:
• AVI (XviD)
• 3GP (для сотовых)
• AVI DV (для высочайшего качества)
• MKV (для хранения файлов с субтитрами)
• MP4 (Для iPhone, iPod и Sony PSP)

Список форматов:
Принимает: AVI DIVX ASF MPG MPE M2V MPEG VOB TS M2P D2V MOV QT 3GP HDMOV RM RAM RMVB RPX SMI SMIL MKV OGM WMV DVR-MS FLV ...Почти любой формат на вход.

Выдаёт: AC3, AAC, MP3, MP2, MP4, OGG, WAV, AVI, DV, FLV, MPEGTS, MPEGPS, MKV, MOV.
Профили для устройств: PSP, iPod 5.0G, iPod 5.5G, iPod Touch, iPhone, PS3, Xbox 360, YouTube

Преимущества XviD4PSP:
• Полностью не зависит от системных компонентов и кодеков.
• Включает в себя все самые новые и свободные кодеки.
• С каждым новым обновлением вы получаете и новейшие версии кодеков.
• Более компактный размер программы.
• Более удобная пакетная обработка.
• Более быстрая работа с файлами.
• Можно самому создать пресет формата под свой девайс.
• Больше настроек для H264 кодека.
• Быстрое сканирование громкости.
• Быстрый скан интерфейса.
• Потенциально широчайший спектр форматов и кодеков на выход.
• Поддерживает несколько аудиодорожек.
• Вы можете остановить кодирование в любой момент и получите 100% рабочий файл.

Конвертировать вместе с видео придётся.

MKVToolNix,вытяни аудиодорожку AC3 и пререгони её в MP3.Далее склей всё в матрёшку MKV.
Такой метод В несколько десятков раз быстее чем перегонять полность ВЕСЬ ВИДЕОФАЙЛ (video+audio)
Я сам имею подобный ресивер НЕ ПОДДЕРЖИВАЮЩИЙ AC3,пару раз перегонял звук, но имея скоростной безлимит мне всё же быстрее перекачать)))

Да, Format Factory поможет

В этом поможет Avidemux перекодирует аудио прямо в фильме .Конвертирует аудио, но можно и с видео можно видео видео одноhttp://fixounet.free.fr/avidemux/