Очистка жёсткого диска

Как новый - никак.. Счётчик не сбросишь.. А чтобы чистый есть проги для безопасного удаления, они пару десятков раз записывают произвольные данные по всей поверхности.. (время на это соответствующее уходит)

После форматирования ничего не остается, а если снять птичку быстрое форматирование, те более.

Очистительной клизмой и испепеляющим огнём. Вы, видимо, очень юноша, поэтому обязаны нести чушь.

Есть проги типа Disk Editor, вот ими можно затрахать весь диск нулями или единицами. Работа сложная, но интересная, особенно, в ручном режиме.

"Я не спрашиваю как его отформатировать. Как удалить те файлы которые остаются даже после форматирования. Как его сделать как новый? "

После форматирования по определению не остается никаких файлов. Форматирование - процесс нанесения файловой системы с соответствующим удалением предыдущей.

"Сделать как новый" - понятие широкое. Если требуется гарантия невозможности частично физически восстановить данные в удаленных файлах - то это достигается путем многократной перезаписи секторов жесткого диска. Для этого есть специальные программы, например такие: http://www.computerra.ru/75717/vosem-nadyozhnyih-sposobov-navsegda-udalit-faylyi-s-pk-iz-mobilnyih-ustroystv-i-iz-oblaka/ Т. е. если Вы боитесь, что хакер Вася или фсбшник Владимир возьмут Ваш диск и начнут с него пытаться восстановить нечто Вами удаленное, то Вам нужно использовать такой вариант "обновления" диска.

Если гарантии невозможности физического восстановления части удаленных данных не требуется, значит можно в любой программе-менеджере дисков (например Acronis) просто удалить описания разделов в таблице разделов диска. Это очень просто, быстро, эффективно. Быстрое форматирование даст тот-же результат, можете провести его. Так-же на диске, в его таблицах, есть нефайловые структуры данных - там потенциально тоже может сидеть вирус (загрузочный). Так что в менеджере дисков можно просто удалить всю загрузочно-описательную структуру этого диска - т. е. загрузочную область и таблицы разделов.

Огнем и пламенем, правда тогда вам понадобиться новый жесткий диск

Smart Defrag 4

CCleaner от мусора, проверка при запуске антивирусником от вирусов. Также дефрагментация поможет.