Почему некоторые популярные антивирусы напрочь не видят вирусы, а бесплатные программки их сразу замечают?

1. Что такое вирус? В узком смысле - программа, которая устанавливается без ведома пользователя и может нанести вред компьютеру. В широком смысле - генераторы ключей для нелицензионных программ, установщики, которые втихую устанавливают еще и тулбары какие-нибудь в браузеры. То есть в широком смысле - это вирусы + "потенциально нежелательное" ПО. Все зависит от того, как понимается, что такое вирус.
2. Авторам бесплатных программок вполне может хотеться показать, что они тоже полезны. Вот, работает, "каку" нашли.
3. Многое зависит от настроек полноценного антивируса, которые могут быть более жесткими и менее жесткими. В первом случае больше фальшивых определений, но больше надежность. Во втором случае меньше фальшивых определений, но надежность тоже меньше. Надо просто установить максимальные настройки.
4. Бесплатные программки могут быть заточены на поиск каких-то особых проблем и опасностей. От этого более жесткие критерии проверки.
5. Антивирусов, которые определяли бы на 100% все вирусы, не существует и существовать не может. В лучшем случае - определение на уровне, близком к 100%. 98-99%. И это в лучшем случае.

Сейчас новое поколение вирусов, которые не видят ни платные, ни бесплатные.

потому что разрабы популярных антивирусов сами пишут вирусы..

иногда вопрос в том что считать за вирус, кто-то игнорирует, ибо не считает рекламу на сайте или в виде файла за вирус как таковой (во имя рекламы) ну или иные вещи.
здесь же вопрос может быть и в том, не был ли вирус на пк до установки антивируса .
и я бы не уповал на бесплатные проги, в случае чего самому тяжело избавиться самостоятельно

Есть утилита AVZ. В опытных руках - штука Сурьезная. Разработал ее Олег Зайцев. Бывший инженер-программист Лаборатории Касперского. Повторяю - в опытных руках, штука Сурьезная.

На наивных глупцах рубят деньги.

а не лучше ли доверить все проблемы безопасности профессионалам? Например, таким
https://metascan.ru/