Если у меня постоянная прописка в другом городе, не где я живу по факту, то как мне сделать загранпаспорт?

понятие прописка не существует.
если понятие регистрация.
за загранпаспортом вам надо обращаться в ФМС по месту постоянной или временной регистрации.
Поэтому есть у вас есть документальное подтверждение временной регистарции, то вы можете обращаться в ФМС за загранпаспортом.
Для информации, по месту временной регистрации загранпаспорта делаются долльше чем по месту постоянной, и стандартный законный срок по месту временной регистрации может составить до 4 месяцев, так как надо ждать ответов по запросам с места постоянной регистрации.
По месту постоянной регистрации срок изготовления месяц плюс минус неделя, в несезон 3 недели.

будут дополнительные вопросы, пожалуйста, обращайтесь, отвечу в любое время (электронный адрес anna_polees@inbox.ru)

У вас два варианта: ехать по месту постоянной регистрации
или делать временную регистрацию там где сейчас живете, тогда сможете оформить загранпаспорт на месте, но срок оформления может увеличиться.

В соответствии с ФЗ "О прорядке выезда из РФ и въезда в РФ"
Статья 10. Паспорт оформляется соответствующим государственным органом в сроки, предусмотренные настоящей статьей, и выдается сроком на пять лет.

Датой подачи заявления считается день подачи всех предусмотренных статьей 9 настоящего Федерального закона надлежащим образом оформленных документов, а также фотографий.

В случае подачи заявления об оформлении паспорта по месту жительства срок оформления паспорта не должен превышать один месяц со дня подачи заявления.

В случае подачи заявления об оформлении паспорта по месту пребывания срок оформления паспорта не должен превышать четыре месяца со дня подачи заявления.

=== Таким образом, если Вы имеете "регистрацию по месту жительства" (эквивалент житейскому понятию "прописка") в городе А, а фактически проживаете ("имеете место пребывания") в городе Б, то Вы имеете право подать документы как в городе А, так и в городе Б, различие будет в сроках оформления.
Но при этом учтите, что как при подаче документов на обычный папорт, так и на "биометрический" (с электронным носителем) при подаче заявления по месту пребывания нужно иметь регистрацию по месту пребывания.
В выдаче загранпаспорта по месту фактического проживания без его подтверждения регистрацией Вам откажут, поскольку штамп о "прописке в паспорте у Вас имеется.

Вообще почитайте лучший, по моему мнению, сайт по оофрмлению загранпаспортов, там многие вопосы разобраны
http://biodocs.narod.ru

====
По поводу житейскости
"постоянная регистрация" ("прописка") - это "регистрация по месту жительства", ставится штамп в паспорте, срок действия ДО не указывается
"временная регистрация" - это "регистрация по месту пребывания" (она оформляется отдеьным документом, указывается срок действия ДО)

сделайте временную и по ней наместе сделайте загранпаспорт))))

подозреваю, что все равно нужно ехать в тот город, где прописаны и обращаться в овир или как это теперь называется

Временную сделать по факту

Я делала в своём городе (по месту прописки) . Только это всё равно затянулось на 1,5 месяца вместо положенных 3 недель, поскольку были запросы по месту моего фактического нахождения.