в Посольство Германии в каком городе идти за визой???

В случае с Посольством Германии вы не можете сами выбирать консульство. Запись на подачу документов по всей России выполняется по одному и тому же телефону (звонок платный) .
При регистрации заявки вы должны четко сказать, где у вас постоянная прописка, а где в данный момент временная регистрация. В ответ вам назовут время приема и адрес консульства.

Посольство в Германии в Бонне.

Если в Москве у Вас есть регистрация временная, то можно подавать и в Посольство в Москве, только нужно будет особо отметить - что именно адрес в Москве, по месту пребывания, является Вашим домашним адресом.

А вот если московской регистрации нет, то прийдется подавать именно в Петербурге (если подаете в индивидуальном порядке) . У немцев с этим строго - перед входом в консульство (у нас в Новсибирске) строго смотрели прописку в паспорте.

Кстати, не всегда нужно обязательно подавать документы в консульство по прописке к округу. у меня жена тогда еще из Омска ездила на языковые курсы, ей визу делали в Москве (а не в Новосибирске) , но там им делали на несколько человек, и от самого Гете-института.

Что значит родной город?

Скорее всего в Москве, сомневаюсь чтоб они так разделили... У них 100% есть стр. в интернете, зайдите посмотрите.