Про шенген и штампы

Нет, потому что пограничников там не будет - там вообще ничего не будет, только дорожный знак, что Чехия кончилась и началась Германия.
Если вы беспокоитесь о последующем получении визы - сохраните какие-нибудь документы о пребывании в Германии, например, квитанции из гостиниц - попросите у администратора - он вам выпишет.

так у вас же уже открыта виза?

Чего паритесь то? Вы уже при запросе на визу должны были указать, что въезжаете в Шенген через Прагу. Немцы это подтвердили. Всё. Enjoy!

Не надо фантазировать. Никаких штампов и границ между Чехией и Германией не будет.

Штампа о пересечении границы Германии не будет несмотря на возможное наличие погранконтроля. Штамп не поставят несмотря ни на какие просьбы просто по причине его отсутствия у полиции, осуществляющей этот контроль (а его может и вовсе не быть).
Ежели в анкете на визу Вы указывали, что въезд будет осуществляться через территорию Чехии, то проблем со следующими визами быть не должно несмотря на отсутствие документов, подтверждающих факт посещения Германии.

=

Внутри Шенгена границ нет, поэтому поставят штампы только на въезде и выезде из ШЕНГЕНА. Для того, чтобы не возникло проблем с последующим получением визы, нужно сохранять доказательства пребывания в стране, выдавшей визу (фотографии, чеки) и плюс к этому, когда будете в следующий раз подавать на визу, можно написать сопроводительное письмо в свободной форме с объяснением, почему у Вас стоят штампы другой страны.
Вообще желательно, чтобы стоял хотя бы один штамп той страны, которая открыла визу (т. е. либо штамп въезда, либо штамп выезда).