Можно ли сделать визу в Эстонию если у меня был эстонский паспорт

Не понятно...
Сейчас то он где???

Визу в Эстонию можно "сделать" независимо от того, был у тебя эстонский паспорт, или не был...

Можно даже если у Вас его никогда не было...

Почему "был"? Где он сейчас? Если Вас выдворили из страны и лишили гражданства, то, думаю, не сможете и визу получить. А так - эстонские визы получают без проблем

не забивай себе мозги, сходи в консульский отдел и все выясни.

Куды теперь паспорт подевался? На самом деле само по-себе наличие или отсутствие эстонского паспорта не имеют отношение к получению визы в Эстонию.
Потому как:
1) Если истёк срок действия старого паспорта или он потерян, то нужно просто получить новый и ехать спокойно.
2) Если был выход из эстонского гражданства, то в Эстонию можно въехать как иностранному гражданину, на тех самых основаниях, что и другие. Никаких проблем.
3) Если эстонское гражданство есть, но лень заниматься получением нового паспорта (хотя это проще и дешевле, чем получить визу), то можно въехать в Эстонию по паспорту с другим гражданством и визой, это не запрещено. Просто при пересечении границы он не будет, формально, считаться гражданином Эстонии и будет обязан подчинится, если его не допустят в страну по каким-то другим основаниям.
Ну и так далее, список можно продолжить...

не понятно. паспорт был, значит вы были гражданином Эстонии. вас что гражданства лишили?