Виза выдана Эстонией. Можно по ней въехать в Литву по прямой, не через Эстонию?

Въехать можно. Возможно в последствии при получении визы могут возникнуть вопросы.

всё нормально будет
это шенген

Легко. Не читайте фигню про поездки в Эстонию, никто там дни не считает. У меня виза эстонская на три года, в иных странах бываю чаще, чем в Эстонии. Езжайте спокойно, никаких проблем не будет, даже если первый въезд через другую страну...

Если виза однократная, то нет. Если мультивиза, то да, если учесть несколько моментов:
-Если въезд по этой визе первый, или на момент въезда дней пребывания Эстонии меньше, чем в остальных странах, могут быть дополнительные вопросы о цели пребывания, по возможности, надо иметь документы, которые могут подтвердить цель поездки.
-По окончанию срока действия необходимо, чтобы количество дней пребывания в Эстонии было больше, чем количество дней в остальных странах.

Эстония способна выдавать исключительно шенгенские визы
Литва - страна шенгенской зоны
Через какую страну шенгена при наличии ш визы ты посетишь Эстонию мало кого волнует
Есть правда нюансы для тех у кого одноразовая ш эсти виза - литовцы могут потребовать документальные подтверждения при вьезде что страной преимущественного пребывания является страна выдавшая ш визу

можно, но осторожно

Можно въехать с эстонской шенгенской визой в любую страну шенгенского соглашения. Первый, второй и третий раз - не имеет ровно никакого значения.
Самое главное - использовать визу по назначению. т. е. бывать в стране выдавшей визу, суммарно, больше дней (ночей) чем в любой другой. Или хотя-бы к этому стремится, собирая попутно доказательство такого стремления.

по визовым правилам обязаны по визе страны пребывать бОльшее количество дней, чем в Литве. В последствии могут возникнуть проблемы.. Запрашивали бы тогда литовскую визу, это ведь страна назначения.
Если это мульти и Вы уже до этого ездили по ней, то так можно.
Я работала в визовом центре Эстонии