Вопрос про визы. Если у меня стоит чешская виза

По порядку:
-Испанскую визу при действующей чешской ставить нельзя;
-Три месяца в полугодие - это максимальное количество пребывания в шенгенской зоне вообще, по всем визам;
-Визу можно аннулировать в чешском консульстве.

Многое будет зависеть от того, бывали ли Вы уже по этой Вашей визе в Чехии, и если да, то когда именно и сколько дней по ней провели в шенгенской зоне?

можете не закрывать, а ехать в Испанию с чешской визой, если позволяет кол-во дней

На Вашей чешской визе указано допустимое количество дней на территории стран соглашения в течение срока действия визы. Посмотрите на это число и вычтите дни, которые Вы уже использовали. Получится количество дней, которые Вы можете провести на территории шенгенской зоны до окончания действия этой визы.
Вы можете по этой визе поехать в Испанию, но как только имеющиеся дни истекут, надо выехать.
Если сроки действия визы не совпадают с планируемой поездкой, то надо обращаться к испанцам за новой визой, они же при этом обращении аннулируют чешскую визу.
Если за последние полгода Вы уже посещали страны шенгенского соглашения, то поехать в Испанию на три месяца сразу не получится - придётся сократить поездку или ждать, чтобы было соблюдено правило пребывания туристов - не более 90 дней в каждом полугодии.

Вы сами нечетко спрашиваете. надо спрашивать:
Если у меня стоит ШЕНГЕНСКАЯ виза ВЫДАННАЯ ЧЕХИЕЙ и т. д.

если да то можно.