Что мне грозит, если я пробуду больше дней не в стране, от которой получал Шенген?

В следующий раз могут не дать визу. Конкретно знаю такой случай.

В следующий раз могут возникнуть проблемы с получением виз.
Но ты подумай: кто и каким образом узнает, где и когда ты там был? Это тебя в Германии 2 раза должна повязать полиция, чтобы было установлено, что ты там находишься слишком долго. Никакого другого способа проверить, в какой стране и сколько ты пробыл, нет, если, конечно, не пользоваться авиатранспортом.

1) Если обратитесь за эстонским шенгеном в следующий раз опять, то могут либо отказать в визе, либо дать только на даты поездки, которую вы укажете в анкете
2) Другая страна шенгена также может в следующий раз выдать визу только на даты поездки.
Либо ни один из этих пунктов не случится.

Ничего. Просто в следующий раз скажут "ну и вали в их посольство визу получать, че ты опять к нам пришёл, раз на самом деле не к нам едешь?"

Грозит, в худшем случае — отказ в выдаче следующей визе любой из стран шенгенского соглашения на продолжительный строк, в лучшем случае — выдача следующей визы жёстко под сроки следующей поездки (например если документы на въезд-выезд будут на произвольные "первое-восьмое" числа энного-месяца, то именно под них и выдадут визу).
Ещё больше повезёт, если вообще не обратят на это внимания или элементарно не заметят нарушения.

В слд. раз могут возникнуть проблемы с получением визы или еще хуже Вас закинут в черный список.