Чем отличается бакалавр от специалиста ?

При очной форме обучения, на изучение программ для степени «бакалавр» отводится не менее четырех лет, в то время как для степени «специалист» не менее пяти лет.
Программа обучения специалиста и бакалавра на первых двух курсах одинакова и включает в себя общеобразовательные дисциплины. В последующие годы специалиста готовят по узкому профилю для выбранной специальности, а бакалавра обучают дисциплинам с широким профилем. В силу этого степень бакалавра является более гибкой, так как в дальнейшем такому выпускнику гораздо проще поменять свою профессию, с другой стороны специалист получает профессиональную квалификацию и более приспособлен для практической работы.
По окончании обучения по квалификации «специалист» выдается диплом по выбранной специальности, а при получении степени бакалавр выдается диплом об общем высшем образовании. После получения диплома, бакалавр может продолжить обучение, пойдя на вторую степень обучения – магистратуру. Поступление в магистратуру на бюджетное отделение является бесплатным и происходит на конкурсной основе, но если студент не прошел конкурс, то он может продолжить обучение в магистратуре и на платной основе. Ситуация со специалистами другая, для них учеба в магистратуре является получением второго высшего образования, которое можно получить только за деньги.
В отличие от специалиста, бакалавр сможет пойти в аспирантуру только после окончания магистратуры. В силу того, что бакалавр учиться меньше специалиста, некоторые работодатели ошибочно считают, что студенты со степенью бакалавр являются менее конкурентоспособными по сравнению со специалистами и менее охотно берут их к себе на работуПодробнее: http://thedb.ru/items/Chem_otlichaetsya_BAKALAVR_ot_SPETSIALISTA/

Уровнем образования.

не по всем специальностям есть магистратура, по-моему, у программистов до сих пор только специалист

Бакалавр+магистр = специалист.