В чем разница между федеральным и государственным университетами?

Элементарно:
В настоящее время в Российской Федерации существуют следующие виды высших учебных заведений:
Федеральный университет — ведущее высшее образовательное учреждение на территории федерального округа, центр науки и образования. По состоянию на 2010 год в России планируется существование до 10 ФУ.
Университет — многопрофильное учебное заведение с большим выбором учебных программ в самых разных областях знания.
Особый правовой статус как уникальные научно-образовательные комплексы, старейшие вузы страны, имеющие огромное значение для развития российского общества, имеют два университета (ГОСУДАРСТВЕННЫХ) :
-Московский государственный университет,
-Санкт-Петербургский государственный университет.
Национальный исследовательский университет — высшее учебное заведение, одинаково эффективно осуществляющее образовательную и научную деятельность на основе принципов интеграции науки и образования. Звание НИУ присуждается на десятилетний срок на конкурсной основе. Первым двум вузам статус национального исследовательского университета был присвоен в 2008 году. Далее Министерством образования и науки Российской Федерации были проведены конкурсы: по итогам конкурса в 2009 году статус НИУ был присвоен 12 вузам, в 2010 году — 15 вузам.
Академия — готовит широкий круг специалистов какого-либо направления человеческой деятельности (сельское хозяйство, здравоохранение, искусство, туризм, экономика, финансы и т. п. ) .
Институт — занимается подготовкой специалистов для работы в определённой области профессиональной деятельности.
Научные исследования производятся в высших учебных заведениях всех типов, однако в университетах они, как правило, носят фундаментальный характер.

федеральный-наверно для региона готовит спец, а госуд для всей России! наверное так,