годовой мультишенген

1. По закону Вы просто ОБЯЗАНЫ запрашивать визу именно в консульстве Чехии, поскольку именно в этой стране намерены провести наибольшее время своих поездок.
2. Краткосрочной считается любая виза, допускающая пребывание в Шенгенской зоне не более 3-х месяцев в течении полугода не зависимо от срока действия визы. Т. е. и разовая недельная виза, и годовая мульти - это всё краткосрочные визы типа С, а потому и консульский сбор одинаков - 35 евро.
3. Что касаемо вероятности, то она непредсказуема. Но в Вашем случае, если подробно распишете в анкете свои планы и если все доки будут строго соответствовать требованиям консульства, то дадут с очень большой вероятностью.
4. Отказ в визе, если он не связан с предоставлением заведомо ложных сведений или документов (липовая справка с работы, например) никак не влияет на получение последующих виз.

Если откажут в выдаче любой визы, так это один вопрос и все объяснения Вам дадут либо в консульстве, либо можете написать письмо консулу и возможно он ответит Вам письменно. Зачастую бывает так, человек подает на годовую визу, а ему выдают краткосрочную. Если В сразу приложите документы на первую и третью поездки в Чехию, то, думаю, Вам дадут годовой Шенген

Самый реальный вариант подавать в посольство Испании. Они почти всем сейчас полугодовой мульт дают. Чтобы подстраховаться бронируйте круиз с выходом из шенгена.

Если Вы подадите на годовую, то либо Вам откажут совсем (что не так уж невероятно) , либо дадут краткосрочную, либо дадут годовую :-)
Но что-то я не очень часто слышал, чтобы чехи давали годовую мульти.
Альпы-то чьи?