Хотим летом поехать в Питер. Как лучше это устроить? Своим ходом или через агенство?

Это вопрос предпочтений - в стоимость тута всегда заложена комиссия туроператора (они же работают) . Самостоятельно такую интенсивность типа 5 музеев за 2 дня в жизни не осилишь и организация всегда требует усилий, размышлений, терпеливого подбора вариантов и т. д. Туроператоры все берут на себя - ты только получаешь кайф и отдых.
Но с другой стороны - когда едешь самостоятельно - ты не связан расписанием, с другими людьми, можешь менять на ходу программу и длительность.

www rzd ru - цены на поезд и покупка он-лайн
www hostelworld com; www hostelbookers com + "петербург хостел" "петербург мини-отель" в поисковике - масса вариантов с фотками, отзывами, ценами и бронью он-лайн
=> и Вы уже всё себе обеспечили. А дальше - весь город перед Вами.

если первый раз, то лучше с агентством, а если раньше бывали, то можно и самостоятельно все организовать.

зачем Вам отдавать деньги агентству, если можно их потратить на себя любимых, естесственно, подсуетиться немножко придется. Билеты на поезд плацкарт - не в тысячах измеряются, отель забронировать - двуместный номер около 2000 руб за сутки. Метро, музеи - это тоже не тысячи рублей. Ну вот и считайте - нужно ли Вам подарить кому-то порядка 10000 руб или нет....

поезжайте своим ходом. свободные номера в гостиницах есть всегда-на любой карман. В музеи и на экскурсии лучше самостоятельно ходить, предворительно составив план. Хорошего отдыха.