Где можно недорого и с комфортом остановиться в Москве на 3 дня?

Как вариант: гостиница "Университетская" рядом с МГУ, на Мичуринском пр. (в яндексе найдете сразу) - у метро "Университет". Порядка 3000 р. за двухместный номер. Без претензий, но жить можно.
Еще гостиница "АБВГДейка" - тоже поищите, говорят, неплохо.

А вообще пользуйтесь справочниками отелей вроде www.komandirovka.ru и (по вкусу) www.booking.com - найдете все, что угодно, и на любой вкус.
По поводу тур. путевок - а я бы не стал с ними связываться. Если грамотно поездку организуете сами - получится дешевле и удобнее.

Дорога из Питера, как вариант, - верхняя полка в купе нефирменных поездов (51/52, 29/30) сейчас стоит всего около 800 рублей в один конец. Сапсан в воскресенье утром тоже стоит недорого - 1800 р. Самолеты можно найти от 1400 р. (АвиаНова) , если заранее бронировать.
Если еще нужна инфа - обращайтесь, проконсультирую.

Недорого, с комфортом, да ещё и в Москве, ну-ну .)

бронируйте тут www lothot ru так же можно заказать и экскурсию.

Недорого и "С комфортом" в Москве несовместимы, это один из самых дорогих городов Европы, цены в гостиницах сильно завышены. Лучше взять в турфирме путёвку на 2-3 дня. Мы бронировали через турфирму гостиницу в Питере, получилось дешевле, чем если бы мы это делали самостоятельно.

посмотрите гостиницу Царицыно. Может по цене она вам подойдет. Я летом там жила, удобства на блок за 1800р в сутки на одного. Но постояльцев не много там было. так что неудобства из-за этой блочности я не почувствовала, кстати там недалеко екатерининские дворцы в Царицыно, есть что посмотреть и где погулять.

у знакомых

отелей много, смотря что вы хотите и что для вас не дорого