Из КРЫМА по Единому билету (ЕБ). Опоздать на свой поезд

Вы просто плохо искали.
Во-первых, частичная информация даже у РЖД, всё же, есть, хоть она и "между строк" скрыта. Вы посмотрите, каков интервал между прибытием автобуса и отправлением поезда. Он от 4 до 24 часов! Так что сам по себе автобус если и опоздает, то на поезд Вы всё равно успеете (время автобуса в пути от порта Кавказ до Анапы менее 2 часов, до Краснодара менее 4 часов).
А вот если сильно опоздает паром (а переправу, порой, на несколько суток закрывают), - это уже да, проблема, но это уже сфера ответственности "Единой транспортной дирекции" (ОПЕРАТОР ПЕРЕВОЗОК ПО «ЕДИНОМУ» БИЛЕТУ). На сайте у них даже памятка размещена:
(цитата)
В случае опоздания на поезд формирования АО «ФПК» пассажира, у которого оформлены проездные документы в смешанном сообщении с КФО, в связи с задержками, сбоями движения в работе морского и автомобильного транспорта, вызванные, в том числе неблагоприятными погодными условиями в акватории Керченского пролива, билетный кассир АО «ФПК» в билетных кассах железнодорожных вокзалов г. Анапы или г. Краснодара предоставляет такому пассажиру, с его добровольного согласия на новые условия поездки, возможность проезда на ближайшем поезде формирования АО «ФПК» до указанной в железнодорожном билете станции назначения, без взимания дополнительной оплаты и сборов с пассажира. При этом предъявление претензий на предстоящую железнодорожную поездку и время ожидания отправления поезда от станций Анапа или Краснодар не имеют юридической силы, ввиду форс-мажорных обстоятельств из-за ухудшения погодных условий и задержек в пути следования через Керченский пролив, в целях сохранения безопасности жизни и здоровья пассажиров. Для совершения поездки пассажиру выдается неиспользованный билет на железнодорожную перевозку и проездной документ «плацкарта».
(конец цитаты)

http://transdir.ru/wp-content/themes/etd/files/united-ticket/pamyatka.pdf?v=3