Купил авто, при оформлении оказалось, что двигатель меняли, документов на него нет, машину не регистрируют, что делать?

Отменена обязательная проверка номера двигателя автомобиля. Теперь он вообще не указывается в регистрационных документах. Сотрудники ГИБДД осматривают номера кузова и шасси, а также идентификационный номер автомобиля. А номер двигателя проверят только при постановке на учет нового автомобиля — только что произведенного или завезенного в Россию.
Приказ МВД № 1001 «О порядке регистрации ТС» (новая редакция) , Административный регламент (Приложение № 2) п. 24, 35.4
24. В представляемых для совершения регистрационных действий документах, удостоверяющих право собственности на транспортные средства, номерные агрегаты, должны содержаться: дата и место их составления, сущность и условия сделки (решения государственного органа) , персональные данные (для физического лица) , установочные данные (для юридического лица) , адреса и подписи сторон, сведения о транспортном средстве (марка, модель, модификация (тип) , год выпуска (год изготовления) , идентификационный номер транспортного средства (VIN), если он присвоен организацией-изготовителем, цвет, порядковый производственный номер шасси (рамы) , кузова (кабины, коляски, прицепа) , серия, номер, дата выдачи паспорта транспортного средства и (или) регистрационного документа и наименование организаций, их выдавших. (в ред. Приказа МВД РФ от 20.01.2011 N 28)"
(согласно этому Приказу № 28 - В абзаце первом слова "в том числе стоимость транспортного средства (номерного агрегата), … "модель, номер двигателя (блока двигателя), " исключить. "
Правда, если у поставлен двигатель, модель и марка которого отличаются от предусмотренных заводом-изготовителем, и тем более отличающийся мощностью, то вот тут и могут быть проблемы.. .

А чтов вашем Гаи правило, что номера на двигатель теперь не имеют значения, не действительно??

Сейчас же не смотрят номер двигателя... Странная какая-то ситуация...

в суд

по моему сейчас не требуется номер на движке

Если нет связей в ГИБДД - регистрировать автомобиль будет крайне сложно.
Верните автомобиль предыдущему владельцу