Нужно ли платить налог на доход, если продажная стоимость автомобиля выше, чем та, за которую он приобретался?

Налоговый вычет 250 тыс. Налог с продажи Вам платить не надо. Но поскольку владели авто менее 3-х лет, обязаны в положенный отчетный период подать в налоговую декларацию (нулевую) . Штраф за неподачу действительно 1000 руб.
Для информации. Налогом не облагаются (Налоговый кодекс РФ, гл. 23.ст. 220):
- если проданный автомобиль был у вас во владении больше трех лет,
- если проданный автомобиль был у вас во владении меньше трех лет, но есть документы, подтверждающие, что сумма приобретения авто больше суммы продажи.
- если вы продали автомобиль за сумму, не превышающей в целом 250 000 рублей. (размер налогового вычета)
Но налоговая декларация в 2-х последних случаях подается в любом случае.
Если же вы владели автомобилем менее трех лет, никакие документы, подтверждающий его первоначальную стоимость не сохранились, и сумма продажи превышала 250000 руб. , то вам придется заплатить налог из следующего расчета:
(cумма продажи – 250000) х 13%.

платить налог не должна, ибо продажа машины за цифру менее 250 тысяч.
но декларацию была обязана подать до 30 апреля
за то, что не подала декларацию в срок - штраф . кажется 1000 рублей + всё равно обязана подать декларацию

А что мешает указать сумму, ну например - 50 т. руб.

указывай в договоре что авто приобрели за 200 т р