во что лучше переконвертить видео avi motionjpeg hd и fullHD 25-30 fps?

MKV. Отлично справляется Xilisoft Video Converter Ultimate 6.

Да хоть в MKV H264, MKV DivX, AVI XviD...
Качество будет зависеть от разрешения и битрейта (в основном)
Если есть щелчки, то простого конвертирования не достаточно, придётся разбираться со звуком и фильтрацией этих щелчков в нормальной программе, например, Sony Sound Forge Pro
P.S. Щелчки могут быть по причине хреновой (дешёвой) камеры - она неправильно режет окончание фрагмента (в момент нажатия стоп) . Если фаза звука окажется не около нуля, будет щелчок.
Может быть, пиковые зашкаливания зв. сигнала слышатся как щелчок.

В какой формат - зависит от того, какой сможет прочесть Ваш телевизор. Об этом указано в руководстве пользователя (наверняка в технических характеристиках) . Количество кадров в секунду при перекодировании зависит от того, какого типа Ваше видео (PAL 25/50 fps, NTSC 29.97/59.94 fps). Если Ваш телевизор поддерживает воспроизведение видео в полном HD качестве (что указано, опять же, в инструкции) то кодируйте в полном. Формат для HD обычно MOV или MP4. Его читают ЖК-телевизоры. Да и занимают эти форматы мало места, несмотря на разрешение картинки (но использовать эти форматы нужно для конечного проекта видео, которое уже не будет обрабатываться позднее) . Я сам кодировал в таких форматах. У меня, правда, не Samsung, а LG, но принцип один и тот же.