На перелетах в места зимовки и обратно

Птица не устаёт в полёте, если у неё достаточно жировых запасов. Если села "отдохнуть" на борт судна, значит она уже истощена, чем больше отдыхает, тем больше тратит жира, полноценно питаться она всё равно не может, потому не может и улететь.

боятся?

Здесь все просто и печально. Если птица села на судно - значит, она уже крайне обессилена, по какой-то причине не смогла накопить достаточных запасов питания (жир и гликоген в печени) перед перелетом. При этом, чтоб восстановить силы, ей надо очень интенсивно питаться, причем, если истощать она может буквально за два-три дня (мелкие певчие, до дрозда размером) , то восстанавливать силы ей надо не меньше полутора-двух недель. В то же время, из сухопутных перелетают в основном насекомоядные птицы - а прокормиться на судне им практически нечем. Планктон - не корм, это эрзац, и птицы едят его практически от отчаяния. Он же их и губит - содержание соли в нем для птиц крайне велико, попить пресной воды негде, дальше - отказ почек и смерть.. .
Выхода из такой ситуации практически нет - спасти их можно, только собрав их, и начав кормить, причем либо насекомыми, либо мелким планктоном, сутки вымоченным в пресной воде. Те самые две недели. Вряд ли в условиях путины (я верно понял? ) такое возможно - кормежка даже одной-двух птиц занимает очень много времени - что говорить, если их стайка, пусть и небольшая...

Мелкие пернатые не улетают с судна по той причине, вы сами написали, что нашли себе базу для пропитания, собирая планктонных ракообразных из трала, а раз есть что кушать, зачем куда то лететь еще..