Почему бактерий в человеке называют микрофлорой а не микрофауной?

Так исторически сложилось. Раньше бактерий относили к растениям.
А к животным их никогда не причисляли.
А мир растений - флора. Они мелкие, потому микро
Сейчас бактерий выделяют в самостоятельное царство, а термин "микрофлора" остался.
Микрофлора - исторически сложившийся термин, сохранившийся с тех времен, когда бактерии относились к царству растений, а вирусы еще не были изучены.

Статья из Большой Советской Энциклопедии:

Низшие растения
слоевцовые, или талломные, растения (Thallophyta), одно из двух подцарств растительного мира; объединяет Бактерии, Актиномицеты, Миксомицеты, Грибы, Водоросли и Лишайники. Тело у Н. р. не расчленено на корень, стебель и лист и называемый слоевищем, или талломом; многоклеточные органы размножения отсутствуют. Среди Н. р. имеются: Прокариоты, клетки которых лишены настоящего ядра (бактерии, актиномицеты, сине-зеленые водоросли), и Эукариоты — клетки их с настоящим ядром (остальные Н. р.); одноклеточные, преимущественно микроскопические, и многоклеточные, длиной до 40 м; гетеротрофы (большая часть бактерий, актиномицеты, миксомицеты, грибы) и автотрофы (часть бактерий, водоросли, в том числе в лишайниках). У высокоорганизованных Н. р. имеются проводящая система, сходная с флоэмой высших растений, листообразные органы, зигота развивается в многоклеточный зародыш на Гаметофите (некоторые бурые водоросли). Ископаемые остатки ряда Н. р. — бактерий и одноклеточных водорослей — обнаружены в отложениях архея и протерозоя, возраст которых около 3 млрд. лет. Ср. Высшие растения.

Лит.: Курсанов Л. И., Комарницкий Н. А., Курс низших растений, 3 изд., М., 1945; Малый практикум по низшим растениям, М., 1967.
Ю. Е. Петров.

Терминология не всегда успевает за изменениями в научных представлениях. Название "кислород" продолжает использоваться с тех времен, когда считали именно этот элемент обязательной составляющей всех кислот. Названия "теплоемкость" и "количество теплоты" - с тех времен, когда теплоту представляли в виде невесомой жидкости - теплорода, которая может перетекать между предметами и наполнять их. "Микрофлора" из того же ряда.

ну если у вас в организме живут животные-тогда это микрофаууна

Хорошо, что только Микрофлора...
А ведь может и Микрофауна в человеке завестись...
МИКРОФАУНА - (от микро... и фауна), совокупность микроскопически малых животных (простейшие, коловратки, почвенные нематоды и др.) размером меньше 500 мкм. (Экологический энциклопедический словарь. Кишинев)

фауна подразумевает наличие разума, а если его нету тогда флора))))