Голова у Крокодилы плоская, с длинным рылом и характерно изогнутым разрезом рта, туловище приплюснутое, хвост мощный, веслообразно сжатый с боков, ноги массивные, сравнительно короткие. Глаза с вертикально-щелевидным зрачком, расположены очень высоко. Ноздри и ушные отверстия замыкаются клапанами. Кожа толстая, на верхней и нижней стороне туловища и хвоста покрыта крупными прямоугольными роговыми щитками. Под спинными щитками, а у некоторых видов и под брюшными щитками лежат толстые костные пластинки, образующие панцирь. Череп Крокодилы характеризуется наличием двух височных дуг и неподвижным соединением квадратной кости с черепной коробкой. Носоглоточный проход отделен от ротовой полости вторичным костным нёбом. Однотипные конические зубы сидят в отдельных ячейках и сменяются по мере снашивания. Позвонки передневогнутые. Ребра сочленяются с позвонками двойной головкой и имеют по крючковидному отростку. Имеются «брюшные ребра» . Плечевой пояс состоит только из лопатки и коракоида. По развитию головного мозга Крокодилы стоят выше других пресмыкающихся. Из органов чувств особенно хорошо развиты органы зрения и слуха. Сердце имеет 2 желудочка, полностью разделённых перегородкой (как у птиц и млекопитающих) . В месте перекреста двух дуг аорты между ними существует отверстие, через которое кровь может поступать из одной дуги в другую. Лёгкие большие, сложного строения. .
Мясистый язык по всей длине приращен ко дну ротовой полости.. .
Желудок имеет толстые мускульные стенки. Мочевого пузыря нет. Клоака в виде продольной щели, в задней части которой у самцов расположен непарный половой орган, по бокам от него лежат мускусные железы. Такие же железы имеются на нижней стороне челюсти..
