Может ли ИП открыть доп.код ОКВЭД имея задолжность по оплате в ПФ РФ

а почему и нет, может вы хотите расширить свои возможности и заработать нга погашение задолженности в ПФР.

Коды ОКВЭД регистрирует ИФНС, Ваши рачсеты с ПФР не имеют к этому отношения