Обресетить и "обучить" коробку.
На примере Хонды ЦРВ 1999г АКПП. После замены лямбда-зонда или после переборки коробки, выполняется следующая процедура: встать на ровной дороге, заглушить двигатель (ключ не вынут) , вытащить на 10 сек предохранитель штатной магнитолы (в блоке предохранителей моторного отсека) , воткнуть его на место (он как-то связан с мозгами коробки и при этой процедуре происходит сброс) . Включить двигатель, разогреть его не нажимая педали до включения вентилятора, воткнуть "D", нажать на педаль газа в режиме обычного разгона, и не отпуская педаль газа разогнаться до 60 км/ч. Отпустить педаль газа и остановиться накатом без нажатия педали тормоза. Программирование завершено. После этого коробка начинает переключаться ровно.. .
Возможно что-то подобное есть и для Лексуса. Ищите более продвинутый форум. Скачайте диллерскую сервисную инструкцию. Должно БЫТЬ.