Назначение Handle в MessageBox! Пример: MessageBox(Handle...)

ну это хендл окна-владельца
использование зависит от флагов, например при MB_APPLMODAL (а это по умолчанию, потому что 0) окно-владелец будет заблокировано, пока юзер не закроет окно сообщения
передавай туда хендл окна, работа юзера с которым приводит к мессейджбоксу, а если такого нет передавай 0