в Far Cry 3 прохожу игры типа "Пропавшая экспедиция" и "Забытый эксперимент"

в длс-миссиях игра не сохраняется. Это так. Исправить пока нельзя. Так что пробегайте их за раз )
То что они при перезапуске игры снова появляются, несмотря на то, что вы прошли их - так и должно быть. После прохождения миссий они блокируются от отображения на карте, но так как мод разблокирует все, что заблокировано - то они показываются снова.