Статья 13. Порядок зачисления в распоряжение командира (начальника)
1. Для решения вопросов дальнейшего прохождения военной службы военнослужащие, проходящие военную службу по контракту, могут быть зачислены в распоряжение, как правило, ближайшего прямого командира (начальника) , имеющего право издания приказов, должностным лицом, имеющим право назначения на воинскую должность, которую замещает указанный военнослужащий.
2. Зачисление военнослужащего, проходящего военную службу по контракту, в распоряжение командира (начальника) допускается в следующих случаях и на следующие сроки:
а) в случае освобождения от воинской должности (должности) - не более чем на три месяца;
б) в случае освобождения от воинской должности (должности) в связи с проведением организационно-штатных мероприятий - не более чем на шесть месяцев;
в) в связи с возбуждением в отношении военнослужащего уголовного дела - до вынесения решения по уголовному делу;
г) в связи с признанием военнослужащего, находящегося на стационарном лечении, негодным к военной службе, - до окончания стационарного лечения (срока освобождения от исполнения обязанностей по воинской должности, необходимого для оформления увольнения) , но не более чем на срок, установленный Положением о военно-врачебной экспертизе;
примечание.
Положением о военно-врачебной экспертизе, утвержденным Постановлением Правительства РФ от 25.02.2003 N 123, предусмотрено освобождение от исполнения обязанностей по воинской должности, необходимое для оформления увольнения, на срок до дня исключения военнослужащего из списков личного состава воинской части.
д) в связи с переводом из Вооруженных Сил Российской Федерации в федеральный орган исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба, и наоборот, а также из одного федерального органа исполнительной власти, в котором предусмотрена военная служба, в другой - не более чем на три месяца;
е) в связи с безвестным отсутствием более одного месяца - до возвращения военнослужащего в воинскую часть (если не принято иное решение о дальнейшем прохождении им военной службы) или до дня вступления в законную силу (включительно) решения суда о признании его безвестно отсутствующим либо об объявлении умершим;
ж) в связи с нахождением военнослужащего в плену, в качестве заложника или интернированного - до его освобождения;
з) в случае расформирования воинской части и сокращения в связи с этим воинской должности, которую замещал военнослужащий женского пола, находящийся в отпуске по беременности и родам или по уходу за ребенком, - до окончания этого отпуска;
и) при невозможности своевременного исключения военнослужащего, уволенного с военной службы, из списков личного состава воинской части в случаях, предусмотренных Федеральным законом и настоящим Положением, - до его исключения.
3. Военнослужащий, в отношении которого в качестве меры пресечения применено заключение под стражу, зачисляется в распоряжение командира (начальника) со дня заключения под стражу.
Соответствующий начальник имеющий право назначения на должность подпишет приказ о зачислении военнослужащего в распоряжение командира части, вот и весь порядок.
Почитайте тут основания. [ссылка заблокирована по решению администрации проекта]
ФЗ "О воинской обязанности" и Положение о порядке прохождения.