Валентность серы в сложном отрицательном ионе (!) SO4(-2)

Высшая валентность серы-6, кислорода-2,тогда как один атом серы может содержать 4 атома кислорода? Возможно это как то связано с зарядом иона?

да, связано. Атом серы потратил по два электрона на связь с двумя атомами кислорода, ещё по одному - на связь ещё с двумя атомами кислорода, а два оставшихся свободных электрона кислорода и образовали заряд иона.