как вы думаете, почему молекулы ферментов не всегда способны выполнять свою каталитическую функцию? . .

Да причин может быть много, вот несколько важнейших:
1) недостаточная концентрация субстрата (т. е. того вещества, которое должно превращаться под действием фермента)
2) изменение кислотности среды (хотя в клетках кислотность хорошо стабилизируется, иногда небольшие сдвиги происходят)
3) сам фермент (как и всякий белок) находится в стадии расщепления, и его не хватает)
4) заблокирован ядовитым веществом (такое случается в организме)