чем чередование фонем отличается от чередования аллофонов?

Между тем между чередованием фонем и чередованием аллофонов существует принципиальное различие.

При позиционном чередовании каких-нибудь двух фонем только одна из них бывает связана с определенным фонетическим положением, тогда как другая фонетически независима.

Так, в русском языке звонкие и глухие согласные являются разными фонемами, звонкий гласный в интервокальном положении чередуется с глухим в абсолютном конце независимо от этимологических связей соответствующей морфемы

Полностью – здесь ( § 237) :

http: // gendocs. ru / v22226/зиндер_Р». СЂ._общая_фонетика_1979?page=19 (уберите пробелы. Или наберите в поиске:
Между тем между чередованием фонем и чередованием аллофонов существует принципиальное различие)