У меня были такие проблемы, тоже файлы не удалялись, так как они использовались какой-либо прогой, или когда надо было насильно вырезать какой-нибудь .ехе из программы. Чтобы удалить использущийся файл надо сначала отключить его работу, в меню снятия задач чаще всего такие файлы не отображаются, но есть програмка CyberCreek Task Manager http://www.cybercreek.com/ она отображает все работающие приложения и файлы, которые каждое приложение использует на данный момент, заодно показывает, где они находятся. Запускаешь, находишь свой файл и какой прогой он используется, выделяешь (файл) и нажимаешь на панели "Kill" потом спокойно удаляешь его.
ИЛИ
Сделайте проверку диска - chkdsk."
Или запустите диск-доктор NDD32...