Про какие очки навыков говоришь? Которые SkillPoints всегда появляются только после 5-го уровня. Их не было до него никогда. Ни у тебя, ни у кого-либо. Навык перса открывается только на пятом уровне. Без вариантов.
А очки за достижения должны были работать с самого начала нового прохождения. Их количество отражено в конфигурации игрока (папка C:\...My Games\Borderlands 2\...). Если при перестановке ты её удалил, то ясен пень не будет ни сейвов, ни конфигурации (не справедливо для Steam - iCloud хранит сейвы у себя на сервере и после переустановки системы копирует их обратно на компьютер, в этом случае надо просто вручную синхронизировать iCloud и компьютер).