В чем отличие между государственным и муниципальным унитарным предприятиями?

Разница только в том, кому принадлежит:
Государственное унитарное предприятие (ГУП) - субъекту федерации (имеется в виду Российский Федерации)
Муниципальное унитарное предприятие (МУП) - муниципальному образованию.

А так все УП - это коммерческие организации, не наделённая правом собственности на закреплённое за ними имущество.
Такие предприятия именуются унитарными, поскольку их имущество является неделимым и не может быть распределено по вкладам, паям, долям, акциям.