посоветуйте, как сделать, чтобы MS Word при копировании файлов в другое место не ломались гиперссылки.

Если гиперссылки внутридокументные, то все должно быть норм, если кроссдокументные, то если не будет документа на который ссылается, то конечно побьются ссылки