Скайп. Как сделать окно скайпа поверх других окон?

А как убрать его поверх всех окон?

Зависит от операционки. Например в 8 винде скайп можно встраивать в правую или левую часть экрана и он будет виден поверх всех окон рабочего стола кроме полноэкранных режимов видео, игр, etc.

нажать на него, а так чтобы всегда поверх других - никак

Поверх всех окон кажется невозможно.