В связи с переходом на Боллонскую систему образования, что будет со степенью кандидата наук?

Во-первых, "боЛонскую". Во-вторых, при чем тут болонская система и закрытие Советов? Ученые советы закрывают, потому что они продажны и не обеспечивают необходимые требования и качество защищаемых в них научных работ. Если Вы уже написали диссертацию, и она великолепна, то стоит попытаться её защитить. А если она представляет собой плагиатный бред, как подавляющее большинство диссертаций сейчас, то вряд ли стоит защищаться. Липовых кандидатов и докторов развелось уже и так выше крыши...